Genetic variability in captive individuals of the endangered species Tapirus bairdii in Mexico
Alfonso Sinuhé Zavala-Páramo, Ken Oyama, Eduardo Mendoza, María Guadalupe Zavala-Páramo, John Pollinger, Thomas B. Smith
Abstract
The Baird’s tapir (Tapirus bairdii) is the largest terrestrial mammal dwelling in the neotropics and the only native representative of the order Perissodactyla. This species is under a great threat due to the impacts of hunting and habitat loss. Therefore, implementation of conservation strategies, in situ and ex situ, is urgent. However, to improve effectiveness of these strategies knowledge of the species level of genetic variability is needed. We collected samples (hair, feces and blood) from T. bairdii individuals kept in captivity in 4 zoos in Mexico and the field (feces) to extract DNA. We analyzed tapir levels of genetic variability focusing on a 511 bp region of the mtDNA D-loop and a set of 6 microsatellite loci. We found a relatively low allelic richness Rs= 3.94 but a relatively high frequency of private alleles (6 out of 24) and a variability of mother lines higher than reported in other studies (7 haplotypes with 15 polymorphic sites, Hd = 0.846 and Pi = 0.0128). Our results suggest that there might bea relatively high genetic diversity in tapir population inhabiting southern Mexico.
© 2017 Universidad Nacional Autónoma de México, Instituto de Biología. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license
Keywords:
Variabilidad genética en individuos en cautiverio en México de la especie en peligro de extinciónTapirus bairdii
Resumen
El tapir centroamericano (Tapirus bairdii) es el mamífero terrestre de mayor talla en el neotrópico y el único representante nativo del ordenPerissodactyla. Esta especie se encuentra bajo un fuerte peligro de extinción por la cacería y la destrucción de su hábitat. Resulta urgente laimplementación de estrategias de conservación in situ y ex situ de la especie; sin embargo, se requiere contar con información sobre su variabilidadgenética. Obtuvimos ADN de T. bairdii a partir de muestras (pelo, excretas y sangre) de individuos en cautiverio en 4 zoológicos de México yexcretas recolectadas en el campo. Analizamos los niveles de variabilidad genética en un fragmento de 511 pares de base de la región D-loop delADN mitocondrial y en microsatélites para 6 loci. Encontramos una riqueza alélica baja (Rs= 3.94) pero un número relativamente alto de alelosexclusivos (6 de un total de 24) en microsatélites así como una variabilidad de las líneas maternas más altas que la registrada en otros estudios (7 haplotipos con 15 sitios polimórficos, Hd = 0.846 and Pi = 0.0128). Esto sugiere la existencia de una diversidad genética relativamente alta enlas poblaciones de tapir que habitan en el sureste de México.
© 2017 Universidad Nacional Autónoma de México, Instituto de Biología. Este es un artículo Open Access bajo la licencia CC BY-NC-ND
(http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).
Palabras clave:
Conservación de mamíferos; Variabilidad genética; Genética de la conservación; Perissodactyla; D-loop mitocondrial